O povoado de Belém do São Francisco surgiu a partir de uma fazenda pertencente a Antônio de Sá Araújo, que, em 1830, se estabeleceu às margens do Rio são francisco, em terras do município de Cabrobó
. Entre 1839e 1840
, durante uma das chamadas Santas Missões, tendo à frente o padre
Francisco Correia, foi lançada a pedra fundamental de uma capela consagrada à Nossa Senhora do Patrocínio. Em 1902
a povoação foi elevada à categoria de vila. O município de Belém do São Francisco foi criado em 11 de setembro
de 1928
, desmembrando-se do território de Cabrobó. Em 1912
, a cidade foi destruída por uma grande enchente, quando apenas a Igreja de Nossa Senhora do Patrocínio, padroeira da cidade, ficou de pé. O município precisou, então, mudar-se para uma parte mais acima das margens do rio. O tempo passou este pequeno povoado se expandiu, e hoje transformou em uma grande cidade. No seus aredores a vários pequenos distritos, um deles é o povoado de Ibó que fica localizado a mais ou menos 50 km de Belém as margens esquerda da BR116.
A cidade foi retratada na primeira fase da telenovela Senhora do Destino, exibida pela Rede Globo entre Junho de 2004 e Março de 2005, na faixa das 20h.
A fase inicial mostrava a vida de Maria do Carmo Ferreira da Silva (vivida pelas atrizes Carolina Dieckmann, na primeira fase, e Suzana Vieira, na segunda fase), uma retirante nordestina, mãe de cinco filhos, cujo marido havia fugido para a cidade de São Paulo.
Diversas partes do município foram mostradas, desde o sertão, lembrando os desertos africanos, até o centro da cidade, passando pelo Rio São Francisco.
